Super BurgerTime является продолжением BurgerTime. Игроки контролируют Питера Пеппера-младшего или его брата-близнеца Пита Пеппера-младшего (в режиме двух игроков), сыновей главного героя BurgerTime, которые пытаются приготовить гамбургеры. Для этого им нужно пробежать через лабиринт платформ, прыгая по частям гамбургера (таким как булочки, мясной котлет, салат и т. д.), чтобы заставить их упасть на дно экрана, таким образом собрав их. Большие части требуют больше прыжков, чтобы упасть, меньшие части требуют меньше прыжков. Если часть, стоящая на верхней платформе, падает на часть, стоящую на нижней платформе, то часть, стоящая на нижней платформе, падает с того места, где она стоит. Бургер готов, когда все части выровнены на сервировочной тарелке в нижней части экрана. Уровень считается завершенным, когда все гамбургеры готовы.
Пока Пеппер-младший пытается выполнять свою работу, всевозможные продукты пытаются его остановить. Чтобы защитить себя, он может использовать ассортимент оружия. Он начинает с погреба для перца, который можно использовать, чтобы бросать перец в эти продукты, временно парализуя их или позже убивая. Они снова появляются со временем, а погреб для перца существует всего несколько секунд. Врагов также можно убить, если на них упадут части бургера. Другое оружие доступно по бокам экрана, где стоят башни с девушками внутри. Девочки оставят оружие висеть, чтобы его можно было подобрать, а также предметы, которые могут помочь Пепперу-младшему (например, плащ, который делает его неуязвимым для одного удара).
Игра разделена на «миры», каждый из которых состоит из 4 этапов. В конце каждого мира Пеппера-младшего ждет битва с боссом. Во время этих боев он будет использовать свои бургеры как оружие, бросая их в босса, пока тот окончательно не умрет.