Сиквел только по названию, продолжение Quake 1996 года от id, представляет собой шутер от первого лица, вращающийся вокруг войны Земли и Строггов. Инопланетная раса Строггов угрожает Земле, но Земля начала контрнаступление, операцию «Повелитель пришельцев». Оверлорд ведет битву на родной планете Строггов с конечной целью защитить их столицу и убить их правителя.
Как FPS, Quake II содержит множество видов оружия, включая запасной бластер, рельсотрон и секретный BFG10K. Здоровье, броню и боеприпасы можно найти на уровнях, как и классическое усиление Quake's Quad Damage. Игровой процесс включает в себя уничтожение инопланетных противников по мере прохождения игроком уровней и выполнения игровых задач. Quake II также поставляется с многопользовательской поддержкой для Deathmatches.